События Red Faction: Guerilla разворачиваются спустя полвека после окончания оригинала. Практически весь Марс колонизирован, а организация The Earth Defence Force контролирует большую часть территорий. При этом она всячески издевается над населением и постоянно нарушает закон. Главный герой - один из бойцов невидимого фронта, этакий разведчик и диверсант. Его задача - уничтожить вредоносную корпорацию и освободить обиженных и угнетенных.